Sesuai Permendagri No. 84 Tahun 2015 tentang Susunan Organisasi Dan Tata Kerja Pemerintah Desa menyatakan bahwa Pemerintah Desa adalah Kepala Desa dibantu oleh Perangkat Desa. Di samping kedudukannya sebagai penyelenggara Pemerintahan Desa, Kepala Desa memiliki empat tugas yang perlu diemban lebih amanah kepada masyarakat, yaitu: Menyelenggarakan pemerintah desa; Melaksanakan pembangunan; Pembinaan kemasyarakatan; Pemberdayaan masyarakat;

Adapun Struktur Organisasi Desa Rupe saat ini adalah sbb:

• Kepala Desa : Drs. Muktar H. Idris (BERAKHIR MASA JABATAN)
• Pj. Kepala Desa : Marwin, S.Pd
• Sekretaris : Ikbarrahman, S. Pd
• PELAKSANA TEKNIS
• Kabid Keuangan : Hasbi, S.Pd.I
• Kabid Umum & Asset : M. Rum
• Kabid Perencanaan & Pelaporan : Kudrah
• Kasi Pemerintah : H. Ismail H. Abdullah
• Kasi Pembangunan & Pemberdayaan Masyarakat : M. Tohar
• Kasi Kesejahteraan : Mustakim Affan
• PELAKSANA KEWILAYAHAN
• Kadus Oi Fonu : Yusran M. Yasin
• Kadus Mangge Maci : Ahmad Yusuf
• Kadus Sori Nocu : -
• Kadus Luru Mbolo : Syamsudin
• STAFF PEMBANTU UMUM : 
• Operator Desa/SID : Kamaruddin, S.Pd
• Operator Siskeudes : Hasbi,S.Pd.I
• LINMAS DESA :
• Abdullah
• M. Isnaini